用于分离DNA大分子的脉冲场凝胶电泳(PFGE)

脉冲场凝胶电泳(PFGE)是一种用于DNA大分子分离的新型凝胶电泳类型。

这是通过以特定间隔交替阳极和阴极来实现的,这意味着在可以在基质中继续进展之前,DNA分子必须在电场中重新位。

小分子的自我定位速度比大分子快得多,这意味着它们在预定的时间内移动的距离更大。DNA分子的分离依赖于一系列不同的因素:电压、运行时间、缓冲液浓度、温度以及阳极和阴极变化的速度。

由于延长了延长的运行时间PFGE协议偶尔的高电压,恒定和低缓冲温度是该方法成功的关键。这些低温和长次级数为PFGE设置中使用的管提供了一个独特的挑战,用于缓冲溶液的传输。

目的:比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)中三管结合蠕动泵缓冲回流的效果

通常,标准硅胶管使用时,运行pfge设置,如图1所示。泵(Heidolph Hei-Flow值01蠕动泵用SP快速1,6泵头; B)固定在运行室(A;图2)上,其中约10米管材料进入冷却单元(c)。

PFGE设备的设置。(A)显示了正在运行的缓冲液所在的凝胶腔。该缓冲液由泵(B)连续循环。大约10米的硅胶管放置在冷却单元(C)中,以保持缓冲液在低温下恒定。

图1所示。PFGE设备的设置。(A)显示了正在运行的缓冲液所在的凝胶腔。该缓冲液由泵(B)连续循环。大约10米的硅胶管放置在冷却单元(C)中,以保持缓冲液在低温下恒定。图片来源:Heidolph北美

凝胶室的顶视图,缓冲溶液的流动方向由红色箭头表示。

图2。凝胶室的顶视图,缓冲溶液的流动方向由红色箭头表示。图片来源:Heidolph北美

由于该装置连续地与冷缓冲液高达260小时,因此选择合适的管道至关重要,以避免任何并发症(撕裂,形成气泡和泵送电源的损失)。

硅胶管非常快速磨损。因此,此测试将显示是否可以更换更强大的测试。

将在PFGE领域的适用性方面进行三管蠕动泵的比较。那些测试的人是海德尔的泰贡®标准,聚乙烯®2001年和药用®内径为6,4 mm,壁厚为1,6 mm的管子。

方法和结果:PFGE A/B方案和三支管的评价

以下测试是在埃尔兰根-纽伦堡弗里德里希-亚历山大大学生物化学系玛丽斯·达尔博士的实验室进行的。

在图3和4中所示的组件中在组件中测试了管道,与表1中所示的方案一致:选择A.在实验室中最常用的协议,选择了方案A;使用协议B是因为它对运行时具有最大的要求。

PFGE装置的实验设置,显示缓冲液在腔室内的流动方向(红色箭头),以及缓冲液输送到(蓝色箭头)和从冷却系统输送到(黄色箭头)的管道。

图3。PFGE装置的实验设置,显示缓冲液在腔室内的流动方向(红色箭头),以及缓冲液输送到(蓝色箭头)和从冷却系统输送到(黄色箭头)的管道。图片来源:Heidolph北美

连接泵与药物®管道。还显示了流量或泵的方向运行缓冲。

图4。连接泵与药物®油管。还显示了流量或泵的方向运行缓冲。图片来源:Heidolph北美

表格1。用于检查管的测试方案。资料来源:海德夫北美

参数 协议A. 协议B.
缓冲 0.5×Tbe缓冲区
(2 l)
0.75 × TBE缓冲器
(2升,每48小时改变)
缓冲温度 12°C. 8°C.
设定冷却装置的温度 9°C. 4°C.
凝胶室中的电压 200 V(6 v / cm) 50 V(1.5 V / cm)
极点变化(梯度) 在40秒到80秒之间 1200秒和4800秒之间
设置泵送速度 40 rpm. 40 rpm.
运行时间 24小时 260小时

在方案之后,评估管道,如果需要任何变化,则决定。

泰贡®由于它太刚性,2001年的管道不适合预期目的。

在A方案之后的短时间试验中已经证明了不良的影响:虽然白天气泡的积累减轻了,但第二天早上发现大量的大气泡阻碍了泵送(即凝胶冷却不足)。

而且,管在泵头内的区域中似乎相当脆弱。泰贡®标准油管有助于较长时间的缓冲循环,但在一些使用后,它破裂了。

这可能是缓冲液的低温的结果,这使得管材更柔韧,最终导致破损。这制药®管道表现最佳

尽管泵头内部的油管部分在长时间使用后被拉伸,表明材料在变薄,但它仍然比普通的硅胶管持续时间长得多。

后者可以以相同的方式安装,但磨损明显更大,这意味着泵头内部的管子必须定期移动。否则,会发生撕裂。

结论:Heidolph的药物®Hei-FLOW值01的油管迎接挑战

这些测试证明,可以通过持久的药物延长替换常规硅树脂管®采用SP快速1.6泵头的Hei-FLOW Value 01蠕动泵,用于脉冲场凝胶电泳组装。

泰贡®2001年和聚乙烯®被证明的标准管不适合PFGE过程。

用于分离DNA大分子的脉冲场凝胶电泳(PFGE)

图片来源:Heidolph北美

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上次更新:5月28日,2021年10:33 AM

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    Heidolph北美,2021年。用于分离DNA大分子的脉冲场凝胶电泳(PFGE).医疗新闻,2021年6月2日观看,//www.kgrcpa.com/whitepaper/20210528/Pulsed-Field-Gel-Electrophoresis-(PFGE)-for-the-Separation-of-DNA-Macromolecules.aspx。

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